分析拟南芥基因组数据

《科学》有3篇报告探索已被完整测序的拟南芥的基因组，寻找关于该植物的基因历史、基因表达、以及生物钟韵律等问题的答案，显示了如何将基因组丰富的数据用于不同的科学领域的研究。比如，J.L. Riechmann和同事们在拟南芥、酵母、果蝇和线虫的整个基因组中分析转录因子家族。他们的比较表明，一些转录因子家族在所有的生物界都能找到，而某些家族似乎是一个生物界所特有。在存在于不同生物界的转录因子家族中，转录因子的与DNA结合的部位显示出序列上最多的相似性，但他们在不同的生物界中的功能可能不同。

Stacey L. Harmer和同事们用微阵列(microarray)来研究与生物钟周期有关的拟南芥基因表达，他们发现，在分析了的8000多个基因中有6%的表达随生物钟的周期而变化。受生物钟周期控制的基因簇与下列过程有关：集光、生产、糖的输运和贮存、以及发育过程。这些功能基因团的周期一样，协调整个代谢途径。

虽然拟南芥的基因组不大，但不少是内部的重复。了解这些重复是如何产生的，也许能帮助研究人员们决定拟南芥的基因序列是不是其他植物基因组的好的模型。Todd J. Vision和同事们用该植物的整个基因组来追寻这些重复的来源。他们提出，重复来源于至少4个发生在1-2亿年前的重复事件，那是开花植物开始多样化的时期。